山东十一选五彩图走势图:表達譜測序

山东十一选五开奖历达 www.vydji.icu 表達譜測序,在轉錄組測序的基礎上發展出的一種基因表達量測定方法。對樣品中的轉錄組RNA進行高通量測序,將得到的測序片段(reads)比對到參考序列上,計算參考序列的每個基因上reads的覆蓋深度,并進行歸一化,所得的結果可以用以表示基因的表達量。表達譜測序的方法相比數字基因表達譜(DGE),由于測序片段較長(PE100下為100bp),相對于較短的DGE Tags(17bp)在參考序列上存在多重配對的可能性較低;并且,由于表達譜測序與轉錄組測序得到的結果間不存在本質區別(只存在測序量的差別),可以交叉使用。例如,可以利用對同物種多個樣本的表達譜測序結果混合后進行組裝,得到該物種轉錄組數據;轉錄組數據也可以用來計算所得基因的表達量,這都是DGE所無法做到的。

 應用領域
基因表達量測定
多樣本轉錄組組裝
基因表達網絡構建
疾病分類研究
 

 技術路線

信息分析

標準流程
1) 對原始數據進行去除接頭、污染序列及低質量reads的處理
2) 測序評估(數據比對統計,測序飽和度分析,測序隨機性的統計分析,Reads在參考基因上的分布分析
3) 基因表達注釋
4) 差異表達基因分析
5) 差異基因表達模式聚類分析(需要客戶確定對符合哪些條件的差異表達基因做聚類分析,例如,“在不同梯度的低溫處理組之間皆有差異表達的基因”)
6) GO功能顯著性富集分析
7) Pathway顯著性富集分析

高級分析
1) 基因差異表達的聚類和熱圖分析(需兩個或兩個以上樣品)
2) 基因差異表達的的趨勢分析及顯著趨勢的基因??櫚腉O,KEGG富集分析(需多個樣品)
3) 基因表達的主成分分析(尋找主效基因的統計方法)
4) 定制個性化分析和圖表(按老師的要求定制,需要提供方案或者參考文獻)

樣品要求
植物、真菌、昆蟲及其他動物樣品:總RNA不低于10μg,濃度不低于200ng/μL,其中植物、真菌樣品要求RIN值不低于6.5, 28S/18S≥1;除人、鼠和昆蟲以外的動物樣品則要求RIN值不低于7.0,28S/18S≥1。
人、鼠樣品:總RNA不低于4μg,濃度不低于80ng/μL,RIN值不低于7.0,28S/18S≥1。

項目運轉周期
表達譜項目運轉周期約為45個工作日。