乳腺間質成纖維細胞在患乳腺炎奶牛中表現出的炎癥特異性變化 蓖麻胚乳型種子基因組DNA甲基化 冬瓜轉錄組denovo 玉米穗發育相關的miRNA及靶基因研究 玉米轉錄因子導入擬南芥研究鎘離子脅迫耐受機制 報歲蘭轉錄組denovo及DGE 燈盞花轉錄組分析揭示假定的野黃芩苷和綠原酸生物合成基因及其遺傳標記 番荔枝花發育的轉錄調控研究 通過抑制EZH2恢復IKKa的表達促進了鼻咽癌細胞的分化 通關藤氧孕烷合成基因發現及標記開發 泛素化介導花瓣衰老機制研究 棉鈴蟲免疫致敏現象的相關基因研究 入侵種福壽螺與本地種田螺的比較轉錄組研究 豬骨骼肌miRNA組學協同研究 浮萍響應高濃度銨鹽轉錄組分析 荔枝Sonn的葉組織轉錄組從頭組裝 卵形鯧鲹的繁殖、生長以及免疫相關基因的轉錄組分析 不同品系小白菜鎘脅迫轉錄組比較分析 植物激素對非洲菊花瓣發育的轉錄組調控 高低聚糖食品導致瘦小鼠更大體重增長 南瓜轉錄組De novo及標記開發 致命鵝膏子實體轉錄組denovo 利用選擇壓力分析策略研究山羊群體進化 鐵皮石斛轉錄組分析 與其在鑒定多糖合成相關基因中的應用 CHIP-SEQ助力脫髓鞘分子機制研究 Si-CSP9基因在紅色紅火蟻外皮形成和蛻皮過程中的調控作用 月季成花轉變的轉錄調控研究 蘋果小RNA文獻解讀 互交雜種蓖麻籽胚乳的基因組印跡、甲基化與親源效應研究
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山东十一选五投注群: 冬瓜轉錄組de novo

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廣東省農科院蔬菜所項目(第一個冬瓜轉錄組數據庫)

(一)組裝質量評估

分析結果:Unigene平均長度與其他已報道轉錄組文獻的對比: 蝴蝶 (197bp), 甘薯(581 bp), 丹參(331 bp),紅花(446 bp)

(二)Unigene與近緣物種比較

分析結果:將冬瓜Unigene與西瓜基因組CDS序列進行比較,評估Unigene組裝完整性。在14,559 條西瓜同源基因CDS序列中,94.3%條序列的覆蓋度大于40%,61.4%序列的覆蓋度大于80%。

(三)Unigene的數據庫比對及注釋

分析結果:利用NR、 Swiss-Prot、KEGG、GO四大數據庫對Unigene進行注釋,共注釋了36,070 (55.4%) 個Unigene

(四)cSSRs的開發與驗證

分析過程與結果:

從unigenes中開發出6,242個cDNA SSRs(cSSRs)候選分子標記,并提供引物設計結果。

合成兩百對引物在6個品種中進行了PCR驗證。結果顯示170條序列成功擴增,49個SSR呈現多態性。

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